Pain Thiên Đạo (cơ thể của Yahiko) khi xuất hiện trong Akasuki
Pain tên thật là Nagato, là thủ lĩnh và là người mạnh nhất Akatsuki. Tuy nhiên mọi kế hoạch trong tổ chức đều do Tobi (Uchiha Obito) đứng sau vạch ra (ngoài Konan và Nagato, các thành viên còn lại không ai biết điều này).
Từ khi Nagato còn nhỏ, Uchiha Madara đã bí mật cấy con mắt Rinnegan (Luân Hồi Nhãn) vào Nagato, một tộc nhân Uzumaki, nhằm thực hiện kế hoạch lâu dài của hắn. Sau này Nagato đã có khả năng sử dụng con mắt này và trở nên rất mạnh. Cha mẹ anh vô tình bị giết bởi 2 ninja làng Lá trong cuộc Đại chiến Ninja lần thứ hai, từ đó Nagato có một mối thù với ngôi làng này. Sau đó Nagato gặp hai đứa trẻ mồ côi khác là Yahiko và Konan. Họ cùng có chung một ước mơ sẽ có thể tái lập hòa bình trên toàn thế giới.
Nagato, bản thể chính của Pain
Sau đó ba đứa trẻ gặp được tiên nhân Jiraiya của Làng Lá, ông đã tận mắt chứng kiến sức mạnh của Rinnegan. Jiraiya quyết định ở lại và dạy ba đứa các thuật ninja trong vòng 3 năm. Sau khi ba đứa trẻ đã thành thạo các thuật của ông, Jiraiya rời đi trước khi nói với chúng rằng chúng đã trưởng thành và có thể bảo vệ làng. Nagato, Yahiko và Konan đã cùng nhau lập nên Akatsuki với mục đích tốt đẹp như thế. Tuy nhiên sau khi Yahiko chết, Pain đã bị Tobi thuyết phục rằng đi tìm một hòa bình đích thực là điều ngu ngốc. Và Pain bị cuốn theo kế hoạch Nguyệt Nhãn.
Rinnegan cho phép Pain có thể điểu khiển 6 cơ thể cùng một lúc từ ở một khoảng cách rất xa, được gọi là Lục Đạo của Pain, cơ thể mạnh nhất trong số này là Pain Thiên Đạo, cũng chính là cơ thể của Yahiko (cũng là cơ thể đại diện cho Pain trong Akatsuki, bản thể chính Nagato ngồi ở nơi khác). Cũng nhờ Rinnegan, Pain là người duy nhất trong thời điểm đó có khả năng triệu hồi Dị Ma tượng (gedo mazo), xác của Thập Vỹ để chiến đấu cho mình. Pain cùng Konan đã tấn công vào Làng Lá với mục đích bắt Naruto, là Jinchūriki của Cữu Vĩ. Sức mạnh của Lục Đạo Pain đã phá hủy gần như toàn bộ Làng Lá. Rất nhiều ninja ưu tú đã hi sinh trong trận chiến với Pain, trong đó có Kakashi. Naruto với sức mạnh bộc phát từ Cữu Vĩ đánh bại được Pain, lần theo được chakra tìm ra được bản thể thực sự của Pain là Nagato. Ở đây Naruto và Pain đã có một cuộc nói chuyện, Nagato tìm được sự đồng cảm trong Naruto. Để rồi sau đó, Nagato đã dùng Rinnegan thả hết linh hồn và hồi sinh toàn bộ những người đã chết trong trận chiến, nhưng sau đó phải trả giá bằng mạng sống của mình (đây là thuật mà Madara định bắt Pain dùng để hồi sinh hắn). Nagato nói những lời cuối với Naruto rằng anh đặt niềm tin vào cậu.
