Linh Bảo Thiên Tôn là một trong ba vị thần tối cao (Tam Thanh) theo Đạo giáo Trung Quốc, ở vào ngôi Thượng Thanh. Ngài xuất hiện ngay sau Nguyên Thuỷ Thiên Tôn, do một phần linh thể của Nguyên Thủy Thiên Vương tạo thành, ngày đêm hút thanh khí của trời đất, ngưng đọng lại mà thành hình, tượng trưng cho Đạo pháp của Đạo giáo.
Thuở sơ khai chưa có trời đất, trước cả hỗn mang, chỉ mới có cái nguyên khí huyền bí, (Thái vô nguyên) có vị Nguyên Thủy Thiên Vương, Nguyên Thủy nghĩa là cái gốc đầu tiên. Nguyên Thủy Thiên Vương chưa phải hẳn là vị thần, mà chỉ là nguyên lý sơ khai. Khi hình thành Thái cực, có Âm Dương, thì thể chất Nguyên Thủy Thiên Vương ngưng kết thành Bàn Cổ tạo ra trời đất, mà linh thể phân làm ba trở thành Nguyên Thủy Thiên Tôn, Linh Bảo Thiên Tôn, Đạo Đức Thiên Tôn, là bậc tối cao vô thượng của cả vũ trụ. Bàn Cổ thì chết đi, nhưng linh thể Thiên Tôn thì tồn tại mãi mãi. Linh Bảo Thiên Tôn có hai sư huynh đệ là Nguyên Thủy Thiên Tôn và Đạo Đức Thiên Tôn tạo thành Tam Thanh.
Truyền thuyết khác cho rằng Linh Bảo Thiên Tôn do linh khí trời đất hội tụ, đầu thai vào bà Hồng thị, bà mang thai 3700 năm mới sinh, lớn lên được đích thân Nguyên Thuỷ Thiên Tôn truyền đạo, trở thành phụ tá cho Nguyên Thuỷ Thiên Tôn.
Linh Bảo Thiên Tôn ngự ở tầng trời thứ 34, tại cung Châu Nhật, có hàng vạn Kim đồng ngọc nữ chầu, tạo ra các tinh tú, bảo hộ Thiên đình.
Linh Bảo Thiên Tôn đích thân chỉ dạy cho những người tu học đạo để thành tiên, số lượng nhiều không đếm nổi.
Trong thần điện Đạo giáo, lúc đầu Nguyên Thuỷ Thiên Tôn, Thái Thượng Lão Quân, Ngọc Hoàng Thượng đế là ba ngôi vị cao nhất. Sau đó đến thời Tuỳ, Đường mới tách Ngọc Hoàng Thượng đế ra, mà đặt thêm vị Thái Thượng Đại Đạo Quân. Sang đến đời Tống thì đổi tôn hiệu ngài làm Linh Bảo Thiên Tôn, hay gọi tắt là Linh Bảo Quân, và bấy giờ mới chia ba ngôi vị Ngọc Thanh, Thượng Thanh, Thái Thanh, hoàn chỉnh toà Tam Thanh là tối cao. Ngọc Hoàng Thượng đế chuyển xuống ngôi vị thấp hơn, xếp trong Tứ Ngự.
