Ban đầu, thế gian là một đại dương rộng lớn rồi từ đó mới tách ra làm ba phần: Bầu trời ở trên cao, mặt đất ở giữa được bao bọc bởi đại dương, và phần ngoài cùng là vùng đất của bóng tối, hay còn gọi là địa ngục.
Từ dưới đại dương, vị thần đầu tiên xuất hiện và bay lên thiên đàng. Đó là Ameno Minakanushio Kami. Tiếp theo, lại có hai vị thần nữa xuất hiện sau là Takami Musubino Mikoto và Kami Musubino Kami ( hix, đố đọc nhanh được tên mấy vị thần này). Cả ba vị thần hợp nhất với nhau thành một thể thống nhất rồi… biến mất. Chúng ta có thể gọi ba vị này là thế hệ F1.
Thế hệ F2, có liên tiếp 7 cặp thần nam -nữ được sinh ra từ một cây lau sậy. Đó là Umashi-ashikabi-hikoji và Ameno-tokotachi; Kuniotokotachi và Toyokumonu, Uhijini và Suhijini, Tonokui và Ikugui, Ootonoji và Ootonobe, Omodaru và Ayakashikone.
Cuối cùng, cặp thần thứ 8 xuất hiện, đó là Izanagi và Izanami. Hai vị thần này được coi là thủy tổ của người Nhật Bản.
16 vị thần cùng chung sống trên Thiên giới Takamahara ( mà chúng ta tạm dịch ra là Cao Thiên Nguyên). Một ngày nọ, họ cảm thấy trần gian bên dưới quá tẻ nhạt nên đã giao trọng trachs cho Izanagi và Izanami giúp mặt đất sinh sôi nảy nở và sống động hơn. Họ trao cho 2 người một cây giáo thần tên là Ame no Nobuko.
Từ trên thiên giới, thần Izanagi thò người dùng cây giáo thần khuấy xuống đại dương (gớm tay dài thế). Từ đó nổi lên hòn đảo Onogoro – hòn đảo đầu tiên của nước Nhật. Kế đó hai vị thần mới bước qua Thiên Phù Kiều – cây cầu nối hai thế giới, đặt chân xuống một nơi gọi là Ashiharanokuni, ( Cánh đồng Lau sậy).
Izanagi và Izanami kết hôn với nhau sau đó cùng nhau tạo ra 8 hòn đảo chính của Nhật Bản – Awaji, Shikoku, Oki, Kyushu, Iki, Tsu, Sado, và Oyamato.
Do thần Izanami là nữ nhưng lại ngỏ lời cầu hôn trước ( các cụ bên mình gọi là Cọc đi tìm trâu đấy) khiến các lão thần trên trời phật ý, vì thế đứa con của hai vợ chồng sinh ra trở thành một đứa trẻ quái thai không mặt mũi, không tay chân tên Hiroko. Có bản nói sau đó hai vị đã vứt bỏ đứa bé, để mặc nó trôi sông.
Để rút kinh nghiệm, thần Izanagi làm nghi thức để cầu hôn lại vợ mình. Từ đó những đứa con của hai người sinh ra mới đẹp đẽ, hoàn hảo, thế gian mới được đày đủ, Đó là những vị thần sông, suối, cây cỏ, những hòn đảo và những miền đất mới…
Đến khi sinh ra thần lửa Kagutsuchi, nữ thần Izanami bỏng nặng lìa đời. Thần Izanagi vô cùng tức giận, tuốt gươm giết chết con mình. Tuy nhiên, vì là lửa nên Kagutsuchi vẫn tái sinh.Những phần thân xác bị chặt ra của Kagutsuchi trở thành những ngọn núi lửa bao quanh đất nước Nhật Bản ngày nay.
Không chịu nổi cảnh cô đơn buồn bã, Izanagi quyết chí đi đến Yomi no Kuni (Âm phủ) để gặp lại vợ. Tuy nhiên vì Izanami đã trót ăn đồ ăn của địa phủ vì thế không thể quay về dương gian nữa. Nàng nói với chồng:
“Muốn trở lại dương gian, thiếp phải xin phép vị thần cai quản chốn đây. Nhưng trong khi chờ đợi, chàng phải hứa là không được tìm cách gặp mặt thiếp”.
Chàng đợi. Chàng đợi. Giây phút đợi chờ dài đằng đẵng tưởng như ngày này qua ngày khác… Không cầm nổi lòng, Izanagi bèn bẻ một chiếc răng lược giắt bên trái, châm lửa soi đường. Âm phủ chợt bừng sáng nhưng cảnh tượng hãi hùng biết chừng nào! Khi ánh lửa vừa bùng lên từ răng lược, vợ chàng, Izanami, ngã lăn xuống đất, cơ thể rữa nát, khuôn mặt xanh lợt, tóc rụng từng tảng, đôi mắt trợn trừng, dòi bọ lúc nhúc. Nàng nổi giận quát lớn: “Quân khốn kiếp, mi đã không giữ lời hứa!”.
Izanagi sợ hãi trước dung nhan đang bị phân hủy khủng khiếp của vợ mình, chạy trốn khỏi địa ngục, chàng lăn phiến đá lớn lấp chặn lối đi về giữa dương gian và âm phủ.Từ đó, chàng và nàng trở thành hai kẻ tử thù. Nàng nguyền rằng mỗi ngày sẽ cho quân sát hại 1000 sinh linh. Chàng phải bảo tồn bằng cách mỗi ngày cho gia tăng sinh sản lên 1500 sinh linh để duy trì lấy sự sống trên dương gian. Từ đó, Izanami ở lại Yomi no Kuni và được gọi là Yomotsu Ookami.
Trở về từ địa phủ, Izanagi tắm rửa ở một dòng suối và từ cơ thể sinh ra một loạt các vị thần. Cuối cùng, khi rửa đến mặt thì từ mắt trái ngài sinh ra Nữ thần Mặt Trời Amaterasu-omikami (thiên chiếu đại ngự thần); mắt phải sinh ra Nam thần Mặt Trăng Tsukuyomi-no-mikoto, từ lỗ mũi sinh ra Susano’o – vị thần Bão tố. Đây là ba vị thần cao quý nhất, nổi tiếng nhất của người Nhật Bản và được thờ phụng trên toàn cõi nước Nhật.