Obito là người của gia tộc Uchiha nhưng cậu lớn lên mà không hề biết mặt cha mẹ và trải qua một tuổi thơ bất hạnh. Những năm tháng tuổi thơ đau buồn đó đã khiến Obito ấp ủ ước mơ trở thành Hokage để mọi người trong làng công nhận sự tồn tại của cậu. Sau khi tốt nghiệp Học viện Ninja, câu được phân vào nhóm do Namikaze Minato (sau này là Hokage Đệ Tứ) lãnh đạo cùng với Nohara Rin và Hatake Kakashi. Cậu có tình cảm với cô bé Rin và luôn muốn vượt qua thiên tài Kakashi.
Obito lúc còn ở trong đội Minato
Trong Chiến tranh Thế giới Ninja lần thứ ba, nhóm Minato cũng được điều đi tham chiến và nhận thực hiện nhiệm vụ phá hủy cầu Kannabi, qua đó cản trở việc Làng Đá sử dụng Làng Cỏ như một trạm tiếp ứng. Trước khi bắt đầu nhiệm vụ này, Minato và Rin đều tặng quà cho Kakashi để chúc mừng cậu đã trở thành Jōnin. Duy chỉ có mình Obito là quên không chuẩn bị quà, sau vài lời qua tiếng lại thì mối quan hệ vốn đã không được tốt giữa hai người càng trở nên căng thẳng hơn. Minato sau đó đã được điều ra tiền tuyến, để Kakashi chỉ huy cả đội tiếp tục thực hiện nhiệm vụ. Họ bị hai ninja Làng Đá tấn công và bắt Rin đi mất. Kakashi cho rằng nên tiếp tục nhiệm vụ được giao hơn là đi cứu Rin; điều này đã khiến Obito cực kì tức giận. Cậu khăng khăng cho rằng cần phải cứu Rin trước, điều đó quan trọng hơn việc hoàn thành nhiệm vụ rất nhiều. Khi bị Kakashi từ chối, Obito nói rằng cậu coi Nanh Trắng – cha của Kakashi như một người anh hùng thực thụ vì những hành động của ông đối với đồng đội (Nanh Trắng bị mọi người dè bỉu do không hoàn thành nhiệm vụ, thực tế do ông đã quyết định cứu đồng đội, điều này ảnh hưởng rất lớn tới Kakashi cho đến nhiệm vụ này). Cậu đã nói một câu nói mà sau này Kakashi vẫn nhắc lại khi dạy học trò của mình: “Những kẻ phả bỏ luật lệ của một ninja là rác rưởi, nhưng những kẻ bỏ rơi đồng đội mình thì còn tồi tệ hơn cả thứ rác rưởi”. Và Obito quyết định đi cứu Rin cho bằng được, để lại Kakashi tiếp tục nhiệm vụ một mình.
Sau khi nghe những lời nói trước lúc rời đi của Obito, Kakashi đã có những dao động lớn về mặt tư tưởng và tình cảm. Điều này khiến cậu quyết định quay lại cứu Rin cùng với Obito. Chính nhờ điều này mà Kakashi đã tới kịp lúc để đỡ đòn cho Obito nhưng đồng thời cũng mất đi con mắt trái của mình. Khao khát bảo vệ đồng đội đã giúp cho Obito lần đầu tiên đánh thức được Sharingan và từ đó hạ được một tên. Cả hai sau đó đã phối hợp với nhau rất ăn ý. Họ giải thoát cho Rin nhưng tên còn lại đã đánh sập cái hang để chôn sống cả đội. Trong lúc chạy ra bên ngoài, do phần mắt trái đã bị thương, Kakashi bị hạn chế tầm nhìn và đã không thể tránh được những tảng đá đang rơi từ trên trần hang xuống, cậu bị đá đập trúng đầu và ngã khuỵu. Thấy vậy, Obito liền lập tức đẩy Kakashi ra ngoài. Cuối cùng, Rin và Kakashi đều thoát được trước khi cái hang sập xuống, nhưng còn Obito thì không may mắn như vậy. Cậu đã bị một tảng đá rất to đè nát một nửa người. Hiểu rằng mình khó lòng qua khỏi, Obito chấp nhận số mệnh của mình và đưa ra một đề nghị cuối cùng: đó là nhờ Rin cấy con mắt Sharingan bên trái của mình vào Kakashi, như một món quà cho Kakashi và mong rằng cậu sẽ chăm sóc cho Rin. Sau đó Kakashi và Rin phải rút đi vì quân tiếp viện Làng Đá kéo đến.
Obito dưới cái tên giả Tobi trong Akatsuki
Obito được cho là đã chết, tên tuổi của cậu được khắc ghi trên đài tưởng niệm của Làng Lá và trong sâu thẳm tâm hồn của Kakashi. Anh vẫn thường đến thắm đài tưởng niệm đó mỗi khi có dịp. Tuy nhiên, sự thật là Obito sau đó đã được Uchiha Madara cứu thoát. Toàn bộ nửa cơ thể bên phải đã bị tổn thương cực kì nghiêm trọng, Madara phải tái cấu trúc lại cơ thể cậu bằng mô cấy lấy từ phân thân sống nhân tạo của Hokage Đệ Nhất. Obito nói rằng cậu nợ ông mạng sống này và bày tỏ ước muốn được quay về Làng Lá cùng với những người bạn của mình. Madara nói về sự tàn khốc của thực tại và về kế hoạch thay đổi thế giới của mình với Obito, nhưng thời gian sống còn lại của ông ta không đủ làm hết khối lượng công việc khổng lồ đó và đề nghị cậu giúp, tuy nhiên Obito không bị thuyết phục bởi những lời lẽ đó. Không lâu sau, cậu biết tin Rin và Kakashi đang bị các ninja Làng Sương mù bao vây, tình hình rất nguy cấp. Nghe tin ấy, Obito vội vàng đi cứu họ. Tới được chiến trường, Obito vô cùng bàng hoàng khi nhìn thấy Kakashi dùng Chidori đâm xuyên qua người Rin (Rin đã chọn cách tự sát này để bảo về cho làng sau khi biết mình bị cấy Tam Vĩ vào người). Chứng kiến cảnh Rin chết ngay trước mắt mình mà không thể làm gì hơn khiến Kakashi và Obito đều vô cùng đau khổ. Đối với riêng Obito, trong đó còn ẩn chứa sự thất vọng khi niềm tin tuyệt đối sụp đổ một cách bất ngờ nhất. Trước những xúc cảm to lớn ấy, con mắt Sharingan của cả hai bắt đầu có sự biến đổi thành Mangekyō Sharingan. Do áp lực quá lớn, Kakashi nhanh chóng ngất đi ngay sau đó. Những ninja làng Sương mù cướp lấy thi thể Rin, điều này kích động Obito khiến cậu tàn sát toàn bộ chúng bằng Kamui và Mộc thuật mọc ra từ cơ thể. Obito ôm lấy thi thể của Rin và một nỗi căm thù dâng lên trong lòng Obito đối với Kakashi.
Obito lộ diện trong Đại Chiến Thế giới Ninja lần thứ tư
Với nhận thức và quyết tâm mới, Obito quay trở về chỗ Madara. Tại đây, cậu đã bày tỏ sự đồng tình với quan điểm của ông, rằng thực tại này chỉ là thứ vô nghĩa, đáng bỏ đi và cần phải bị phá hủy. Cậu thề rằng sẽ tạo ra một thế giới mới tươi đẹp hơn hiện tại này rất nhiều. Trong mộng giới ấy, cậu cùng Rin sẽ lại có thể ở bên nhau mãi mãi. Nghe vậy, Madara vô cùng hài lòng, ông ta kể cho Obito nghe về Lục Đạo Tiên Nhân và nguồn gốc của nhẫn giả cũng như Thập Vĩ. Giải thích cho Obito chi tiết về kế hoạch Nguyệt Nhãn, về những bí mật và vai trò của Rinnegan và Nagato. Đồng thời, Madara cũng nói với Obito rằng cho đến ngày ông ta hồi sinh thì cậu sẽ là Uchiha Madara. Kể từ đó, Obito che mặt lại, lấy cái tên mới là Tobi, tìm đến Nagato và Akatsuki và lợi dụng tổ chức này để thực hiện kế hoạch Nguyệt Nhãn.[6] Sau đó, với danh nghĩa Uchiha Madara, Tobi đã gây ra rất nhiều thị phi trong giới ninja như thả Cửu Vĩ tàn phá Làng Lá,[3][6] xuất hiện trước mặt Itachi trước cái đêm anh tàn sát cả gia tộc Uchiha, thao túng Mizukage Đệ Tứ, tuyên chiến với các làng dẫn đến Đại chiến Thế giới ninja lần thứ tư.
Tuy nhiên, Naruto đã thành công trong việc làm thay đổi nhân sinh quan của Obito, giúp cho anh ta phá vỡ được thù hận. Dỡ bỏ lớp mặt nạ dối trá, Obito hiểu được vì sao Naruto lại thành công còn anh thì thất bại. Chính vì vậy, anh bày tỏ sự hối hận của mình một cách trực tiếp thay vì chỉ hoài nghi trong lòng. Anh thực tâm muốn chuộc lại những lỗi lầm trước đây của mình, Obito quyết định sẽ làm giống như Nagato, dùng sinh mạng và Rinnegan để đổi lấy sự trở về của tất cả những ai đã bị anh ta và Madara hạ sát trong chiến tranh. Anh buồn bã nói với Kakashi rằng anh thật không xứng đáng được gặp lại Rin ở thế giới bên kia. Đối mặt với Madara lần cuối, Obito khẳng định bây giờ anh không phải là Uchiha Madara mà là Obito của ngày xưa muốn trở thành Hokage.
